Системный трей, он же область уведомлений находится в правом нижнем углу, на панели задач. В нём находятся маленькие иконки запущенных программ. Обычно двойной клик мыши (для Notepad++ одинарный) на иконках в трее выводит соответствующее окно программы на передний план, или появляется какое-нибудь диалоговое окно относящееся к программе. А правый клик мыши на иконках в трее, вызывает меню, содержащее список часто используемых команд программы.

| Команды иконки трея | |
|---|---|
| Activate | Активирует окно Notepad++ |
| New | -//- и создаёт новый документ. |
| New and Paste | -//- и вставляет в него содержимое буфера обмена |
| Open... | Вызывает диалоговое окно для открытия файла |
| Find and Files... | Вызывает диалоговое окно "Найти в файлах" |
| Close Tray Icon | Закрывает иконку в трее и вместе с ней закрывает Notepad++ |
Вы можете отправить любой запущенный экземпляр Notepad++ в системный трей:
Если вы пытаетесь свернуть запущенный экземпляр Notepad++ в системный трей, а один уже там есть, то новый экземпляр будет свёрнут стандартным способом, так что его кнопка остается на панели задач.